یکی از خطرات استفاده از فروشگاه‌های غیررسمی آیفون، احتمال دانلود برنامه‌های مخرب یا ناامن است. البته اپل همه‌ی برنامه‌ها را ازطریق ترکیب فرایندهای خودکار و بازبینی اولیه‌ی انسانی بررسی می‌کند؛ بااین‌حال غول فناوری اهل کوپرتینو می‌گوید این فرایند به‌اندازه‌ی فرایند بررسی برنامه‌ها در اپ استور کامل نخواهد بود.
براساس اعلام شیلر، خطر دیگر هنگام استفاده از فروشگاه‌های غیررسمی آیفون این است که قوانین سخت‌گیرانه‌ی اپ استور درمورد محتوای اعتراض‌آمیز احتمالاً در آن فروشگاه‌ها اعمال نخواهد شد.
شیلر درمورد مجاز شدن فروشگاه‌های غیررسمی به خطرات دیگری مثل حریم خصوصی و امنیت کاربران و توسعه‌دهندگان اشاره کرده است؛ خطراتی که از نصب نرم‌افزار توسعه‌دهندگان ناشناس پدید می‌آیند، زیرا آن‌ها می‌توانند الزامات خاص توسعه‌دهندگان اپل را رعایت نکنند.
از نظر شیلر، توزیع برنامه‌های کلاهبرداری، قرارگیری در معرض محتوای غیرقانونی، اعتراض‌آمیز و مضر از دیگر مشکلات احتمالی استفاده از فروشگاه‌های غیر از اپ استور روی آیفون است که خطر کلاهبرداری و سوءاستفاده را نیز افزایش می‌دهند.